Argumento

Thomas, Newt y Sartén son los últimos de los «Gladers» inmunes al virus de la Llamarada que infectó a la población mundial. Invaden un tren de transporte de CRUEL para salvar a su compañero Minho. Sin embargo, toman el vagón de carga equivocado y Minho es transportado a la «Última Ciudad», la base de operaciones de CRUEL. En contra de las órdenes de la resistencia del Brazo Derecho liderada por Vince, los tres abandonan su campamento base para entrar en la ciudad. El grupo hace su camino a través de un túnel, solo para ser atacados por Cranks, humanos infectados por la Llamarada. Sin embargo, son salvados por Jorge y Brenda, quienes los siguieron secretamente a la Última Ciudad. En la sede de CRUEL, donde el virus la Llamarada comienza a elevarse, el suero creado a partir de la sangre de Minho se prueba en una niña infectada con la Llamarada, lo que parece funcionar al principio.

El grupo llega al borde del muro de la ciudad, que rodea y protege la ciudad de Cranks. Fuera del muro, el grupo camina entre las personas infectadas de la Llamarada que se reúnen en protesta para que se les permita ingresar a la ciudad. Sin embargo, la tropa de CRUEL abre fuego contra los manifestantes, que se retiran. En la conmoción, Thomas, Newt, Sartén, Brenda y Jorge son capturados por un grupo de hombres enmascarados y llevados a un escondite, donde se revela que uno de los hombres enmascarados es Gally, que sobrevivió a la herida de arma blanca que le infligió Minho. Gally revela que, después de que lo dejaron morir, Lawrence, un líder rebelde de los infectados, lo rescató y lo cuidó para que recuperara la salud. Gally los lleva a ver a Lawrence, quien les permite ingresar a la ciudad a través de una entrada secreta. Gally conduce a Thomas y Newt a través de los túneles hacia la ciudad y luego usa un telescopio para espiar las oficinas centrales de CRUEL, localizando a Teresa. Más tarde, Newt se muestra enojado y confronta a Thomas sobre si todavía siente algo por Teresa, Newt le revela a Thomas que está infectado con el virus de la Llamarada, y su hipótesis es de que nunca fue inmune y fue puesto en el laberinto para ver cómo le iría contra los inmunes. Gally le dice a Thomas que Teresa puede meterlos, y Thomas consigue que lo siga hasta un callejón, donde los tres capturan a Teresa.

El grupo la lleva a una iglesia abandonada donde acepta ayudarlos, ya que necesitan usar su huella digital para ingresar a CRUEL. Teresa también elimina los rastreadores de Thomas y sus amigos que CRUEL les implantó antes de ingresar al Laberinto. Mientras Teresa elimina el rastreador de Thomas, Thomas, Newt y Gally escoltan a Teresa dentro de CRUEL y hacia la ubicación de los Immunes. Gally cuida a los niños inmunes y va a buscar las reservas de suero para la rebelión, mientras que Thomas, Newt y Teresa buscan a Minho. Estos, son descubiertos y perseguidos por un vengativo Janson, que lidera las tropas de CRUEL, con la intención de matar a Thomas. Teresa los ayuda a escapar para encontrar a Minho, antes de correr para hacer un análisis de sangre con la sangre de Thomas que obtuvo mientras retiraba su rastreador. Gally toma el suero y lleva a los niños inmunes afuera a un autobús donde Brenda está esperando.

Después de que Gally regresa a CRUEL para buscar a Thomas, Brenda se ve obligada a irse con los niños Inmunes en el autobús cuando las fuerzas de CRUEL se les acercan. Thomas y Newt se dirigen a donde Minho se mantiene en el ala médica, donde se reúnen. Ellos son perseguidos por Janson antes de saltar de una ventana al agua para escapar. Mientras tanto, Teresa descubre que la sangre de Thomas es una de las pocas entre los inmunes que puede curar la Llamarada permanentemente. Ella comparte su descubrimiento con la líder de CRUEL, Ava Paige, y ambos acuerdan que deben encontrar a Thomas. Brenda y los niños inmunes están acorralados por las autoridades de CRUEL. Sin embargo, Sartén los salva usando una grúa para sacar el autobús fuera del muro. Mientras tanto, Lawrence reúne a sus rebeldes fuera de la ciudad antes de volar el muro y suicidarse en el proceso, permitiendo que sus aliados rebeldes y las personas infectadas asalten la última ciudad y la ataquen. Fuera de la sede, Gally encuentra a Thomas, Minho y Newt. Thomas envía a Minho y Gally para traer de vuelta algo del suero que obtuvieron de CRUEL, que está con Brenda y los niños Inmunes, para un Newt que rápidamente se enferma. Mientras espera, Newt le da a Thomas un collar con un cilindro de plata en el extremo, antes de desmayarse. Teresa transmite su voz por el sistema de transmisión de emergencia de la ciudad, diciéndole a Thomas que su sangre puede salvar a Newt y que todo lo que tiene que hacer es regresar a CRUEL. Sin embargo, Newt recupera la conciencia, casi por completo un Crank, y ataca a Thomas. Mientras luchan, Newt vuelve a sus sentidos por un momento y le ruega a Thomas que lo mate. Cuando Thomas no lo hace, Newt -sin otra opción- se apuñala a sí mismo.

Thomas vuelve a CRUEL y se enfrenta a Ava, quien confirma que su sangre puede curar la Llamarada, y enfatiza que las intenciones de CRUEL son solo por el bien del mundo. Sin embargo, ella es asesinada por Janson, quien está infectado por la Llamarada. Janson golpea a Thomas y lo arrastra a una sala médica donde Teresa está lista para extraer su sangre. Sin embargo, él revela que él y CRUEL solo están realmente interesados ​​en curar a aquellos a quienes les plazca, lo que resulta que Teresa se vuelva contra él y libere a Thomas. Tras una pelea, Janson persigue a Thomas y Teresa en un laboratorio, disparándoles. Thomas recibe un disparo en el estómago al tratar de salvar a Teresa, dejándola para tratar con Janson. Este atrapa a Teresa y amenaza con matarla, por lo que Thomas libera a dos Cranks cautivos en el laboratorio que atacan y matan a Janson, lo que permite a Thomas y Teresa escapar y llegar a una azotea donde están atrapados, rodeado de llamas por las explosiones causadas por el ejército de Lawrence. De repente, llega un Berg pilotado por Brenda, Vince, Jorge, Sartén y Gally, mientras tanto, Teresa ayuda a Thomas a subir a bordo, pero, para su horror, Teresa cae a la muerte cuando el edificio de CRUEL se derrumba con el fuego y más explosiones.

Thomas, Minho, Sartén, Gally, Brenda, Vince y Jorge se reúnen con Aris, Harriet, Sonya y el resto de los Immunes y el Brazo Derecho, escapando a un «refugio seguro» en una gran isla. Allí, Thomas descubre que el collar que le dio Newt tenía una nota oculta de Newt a Thomas. Todavía traumatizado por las muertes de Newt y Teresa, lee la nota, en la que Newt le dice que no tiene miedo a morir, y que se cuide de sí mismo y a todos, antes de agradecer a Thomas por ser su amigo. Vince erige una piedra para que todos puedan tallar los nombres de sus seres queridos que perdieron la vida, rápidamente la roca se cubre con nombres como Alby, Chuck y Newt, y Thomas talla el nombre de Teresa en la piedra.